Het Magelhaenalkstormvogeltje wordt ca. 20 cm groot en  is het gemakkelijkste van zijn soort om te identificeren op zee. Net als de andere Stormvogeltjes is het een compacte vogel, voornamelijk zwart van boven en wit van onder, en vergelijkbaar in vorm en grootte met een kleine Alk. Echter is het Magelhaenalkstormvogeltje de enige soort met witte randen aan de bovenzijde van de veren, en een scherp gedefinieerd gezichtspatroon, dus met redelijk zicht kan hij worden onderscheiden van zijn verwanten. Geslachten zijn vergelijkbaar, maar jonge exemplaren missen de witte randen aan de bovenkant.