Volwassen mannelijke Harlekijneenden hebben een kleurrijk en complex verenkleedpatroon. De kop en nek zijn donker leisteenblauw met een grote witte halve maan markeringen voor de ogen, een kleine ronde stip achter het oog en een grotere ovale plek langs de zijkant van de nek. Ze hebben een zwarte kruinstreep loopt over de bovenkant van de kop, met aan weerszijden kastanjebruine plekken. Een wit omzoomde witte kraag scheidt de kop van de borst. De rest is grotendeels licht leisteenblauw van kleur met kastanjekleurige flanken. Een zwart omzoomde witte streep verdeelt de borst verticaal van de zijkanten. De staart is zwart, lang en puntig. De snavel is blauwgrijs en de ogen zijn roodachtig. Volwassen vrouwtjes zijn minder kleurrijk, met een bruingrijs verenkleed met drie witte vlekken op de kop, een ronde vlek achter het oog, een grotere vlek van het oog naar de snavel en een vlekje boven het oog.