De Spaanse keizerarend is een grote roofvogel, in grote lijnen vergelijkbaar met zijn neef de Oostelijke keizerarend of wel Keizerarend, die in een totaal ander verspreidingsgebied wordt aangetroffen. Vergeleken met vergelijkbare arenden, is hij iets kleiner dan de Steenarend en iets groter dan de Havikarend. De Spaanse keizerarend heeft een totale lengte van 72 ot 85 cm, en een spanwijdte van 177 tot 220cm. Een typische spanwijdte voor een mannetje is naar verluidt ca. 190cm, terwijl dat voor een vrouwtje ca 210cm kan zijn. De adulte vogel lijkt op de Oostelijke keizerarend en kan van veraf op de Steenarend lijken, maar over het algemeen heeft hij een donkerdere kleur dan beide andere soorten, een rijke zwartbruine kleur die zich helemaal uitstrekt van de keel tot aan de buik. Net als de Oostelijke keizerarend heeft een adult een brede kenmerkende witte band op de schouder en voorrand van de vleugel, die bij de Spaanse soort zelfs meer uitgesproken is dan bij de oostelijke soort. De Spaanse Keizerarend heeft echter ook een kenmerkende witte vlek op beide bovenvleugels welke de Oostelijke vorm niet heeft. Daarnaast heeft hij een veel bleker getaande kleur op de nek en kop, in tegenstelling tot de goudgele kleur zoals bij de Steenarend. De juveniele Spaanse keizerarend is heel anders gekleed dan volwassenen en andere roofvogels, omdat deze over het algemeen een uniforme bleke strozandige kleur hebben, in contrast met brede zwarte banden aan zowel de boven- als onderkant van de vleugels.